Ayer uno de nuestros clientes tuvo problemas con USBs infectados. Dentro de las varias herramientas de limpieza que usamos, una de las que probamos y dio buen resultado fue MCShield Anti Malware tool.
MCShield es una herramienta anti malware que además tiene, dentro de sus opciones, la de analizar toda unidad que se conecte. Por lo tanto si tienes activa esta herramienta, cualquier USB que conectes te lo analizará y limpiará.
Recomiendo herramientas de este tipo para equipos donde se vayan a conectar muchos USBs, o incluso usarlo para conectar primero los USBs en ese equipo y luego en el resto.
El único fallo que veo es que los últimos cambios parecen ser de Febrero del 2014. Espero que siga en desarrollo.
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